Что еще я могу сделать, чтобы решить проблемы с файлами MOL2?

Причин отсутствия возможности открытия файла MOL2 на компьютере может быть как минимум несколько. Проще всего найти соответствующую аппликацию, установленную уже на компьютере, которая позволит открытие файла MOL2. Если по-прежнему что-то не так, стоит проверить:

.MOL2 file extension
  • не поврежден ли MOL2 файл
  • не имеет ли файл ошибочной связи в записях реестра
  • полная ли инсталляция аппликации, обслуживающей данный формат файла
  • не инфицирован ли файл
  • актуальный ли драйвер, используемый для открытия файла
  • имеет ли компьютер достаточные параметры/технические ресурсы чтобы открыть файл с данным расширением
  • не удалено ли случайно расширение из реестра Windows

После исключения вышеуказанных дефектов файл MOL2 по-прежнему не совместим с Вашим программным обеспечением? Поетому проблема более сложна и требует помощи специалиста.